R语言 DECIPHER包 FormGroups()函数中文帮助文档(中英文对照)

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FormGroups(DECIPHER)
FormGroups()所属R语言包：DECIPHER

                                         Forms Groups By Rank
                                         按职级的形式组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Agglomerates sequences into groups in a certain size range based on taxonomic rank.
凝聚成组序列，在一定的尺寸范围的基础上的分类排名。


用法----------Usage----------


FormGroups(dbFile,
           tblName = "DNA",
           goalSize = 1000,
           minGroupSize = 500,
           maxGroupSize = 10000,
           add2tbl = FALSE,
           verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。


参数：tblName
Character string specifying the table where the rank information is located.  
字符串指定位于排名信息表。


参数：goalSize
Number of sequences required in each group to stop adding more sequences.  
在各组要求停止增加更多的序列号序列。


参数：minGroupSize
Minimum number of sequences in each group required to stop trying to recombine with a larger group.  
停止试图重组具有较大的组，每组序列的最低数量。


参数：maxGroupSize
Maximum number of sequences in each group allowed to continue agglomeration.  
各组的序列允许的最大数量继续集聚。


参数：add2tbl
Logical or a character string specifying the table name in which to add the result.  
逻辑或一个字符串，指定要在其中添加结果表名。


参数：verbose
Logical indicating whether to print database queries and other information.  
逻辑表示是否打印数据库查询和其他信息。


Details

详情----------Details----------

Form groups uses the rank field in the dbFile table to group sequences with similar taxonomic rank.  Requires that rank information be present in the tblName, such as that created when importing sequences from a GenBank file.
形式组使用dbFile表中的排名字段组序列有类似的分类排名。要求tblName如导入序列从GenBank中的文件时创建的，目前排名信息。

Beginning with the least common ranks, the algorithm agglomerates groups with similar ranks until the goalSize is reached.  If the group size is below minGroupSize then further agglomeration is attempted with a larger group.  If additional agglomeration results in a group larger than maxGroupSize then the agglomeration is undone so that the group is smaller.
最常见的行列，开始算法结块组具有类似的行列，直到goalSize到达。如果组的大小是下面的minGroupSize然后进一步集聚试图用一个更大的群体。如果在一组比maxGroupSize较大的额外集聚的结果然后集聚撤消，所以，该集团是较小的。


值----------Value----------

Returns a data.frame of rank and id for each group.  If add2tbl is not FALSE then the tblName is updated with the group as the identifier.
返回各组的排名和iddata.frame。如果add2tbl是不是FALSE然后的tblName组标识符更新。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

IdentifyByRank
IdentifyByRank


举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
g <- FormGroups(db, goalSize=10, minGroupSize=5, maxGroupSize=20)

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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