R语言 DECIPHER包 DB2FASTA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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DB2FASTA(DECIPHER)
DB2FASTA()所属R语言包：DECIPHER

                                         Export Database Sequences to FASTA File
                                         导出数据库序列FASTA格式的文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Exports a database containing sequences to a FASTA formatted file of sequences.
出口的数据库，其中包含一个FASTA格式的序列文件的序列。


用法----------Usage----------


DB2FASTA(file,
         dbFile,
         tblName = "DNA",
         identifier = "",
         limit = -1,
         replaceChar = NULL,
         orderBy = "row_names",
         append = FALSE,
         comments = TRUE,
         removeGaps = "none",
         verbose = TRUE,
         ...)



参数----------Arguments----------

参数：file
Character string giving the location where the FASTA file should be written.  
字符串的位置应写入FASTA格式的文件。


参数：dbFile
A SQLite connection object or a character string specifying the path to the database file.  
一个SQLite连接对象或一个字符串指定的数据库文件的路径。


参数：tblName
Character string specifying the table in which to extract the data.  
字符串指定的表中提取数据。


参数：identifier
Optional character string used to narrow the search results to those matching a specific identifier.  If "" then all identifiers are selected.  
可选的字符串匹配一个特定的标识符用来缩小搜索结果。 “”如果所有标识符选择。


参数：limit
Number of results to display.  The default (-1) does not limit the number of results.  
结果显示的数目。默认（-1）没有限制的结果数量。


参数：replaceChar
Optional character used to replace any sequence characters not present in the DNA_ALPHABET.  If NULL (the default) then no replacement occurs and the sequences are exported identical to how they were upon import.  
可选字符用来取代任何序列的字符不存在DNA_ALPHABET。如果NULL（默认），则不会发生替代和出口相同的，他们如何在导入序列。


参数：orderBy
Character string giving the column name for sorting the results.  Defaults to the order of entries in the database.  Optionally can be followed by " ASC" or " DESC" to specify ascending (the default) or descending order.  
字符串排序结果的列名。默认数据库中条目的顺序。可选可以遵循" ASC"或" DESC"指定升序（默认）或者降序。


参数：append
Logical indicating whether to append the results to the existing file.  
逻辑表明是否要追加的结果，以现有的file。


参数：comments
Logical specifying whether to add the value of any database fields into the FASTA record description separated by semicolons.  
指定是否添加到任何数据库字段的值由分号分隔的FASTA格式记录描述的逻辑。


参数：removeGaps
Determines how gaps are removed in the sequences.  This should be (an unambiguous abbreviation of) one of "none", "all" or "common".  
确定如何在序列中删除空白。这应该是（"none"，"all"或"common"一个明确的缩写）。


参数：verbose
Logical indicating whether to display status.  
逻辑表明是否显示状态。


参数：...
Additional expressions to add as part of a where clause in the query.  Further arguments provided in ... will be added to the query separated by " and " as part of the where clause.  
其他表达式添加在查询的WHERE子句的一部分。提供进一步的论据...将被添加到" and "分开查询的where子句的一部分。


值----------Value----------

Writes a FASTA formatted file containing the sequences in the database.
写入一个FASTA格式的文件包含在数据库中的序列。

Returns TRUE if the file was written successfully.
返回TRUE如果该文件被成功写入。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
tf <- tempfile()
DB2FASTA(tf, db, l=10)
file.show(tf)
unlink(tf)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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