R语言 DECIPHER包 CreateChimeras()函数中文帮助文档(中英文对照)

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CreateChimeras(DECIPHER)
CreateChimeras()所属R语言包：DECIPHER

                                         Creates Artificial Chimeras
                                         建立人工嵌合体

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates artificial random chimeras from a set of sequences.
创建一组序列的人工随机嵌合体。


用法----------Usage----------


CreateChimeras(myDNAStringSet,
               numChimeras = 10,
               numParts = 2,
               minLength = 80,
               maxLength = Inf,
               minChimericRegionLength = 30,
               randomLengths = TRUE,
               includeParents = TRUE,
               verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：myDNAStringSet
A DNAStringSet object with aligned sequences.  
一个DNAStringSet对象对齐序列。


参数：numChimeras
Number of chimeras desired.  
所需的嵌合体的数量。


参数：numParts
Number of chimeric parts from which to form a single chimeric sequence.  
嵌合部件的数量，从中形成一个单一的融合基因。


参数：minLength
Minimum length of the complete chimeric sequence.  
嵌合体的完整序列的最小长度。


参数：maxLength
Maximum length of the complete chimeric sequence.  
嵌合体的完整序列的最大长度。


参数：minChimericRegionLength
Minimum length of the chimeric region of each sequence part.  
每个部分序列的嵌合区域的最小长度。


参数：randomLengths
Logical specifying whether to create random length chimeras in addition to random breakpoints.  
逻辑指定是否要创建随机长度嵌合体中除了随机断点的。


参数：includeParents
Whether to include the parents of each chimera in the output.  
是否包括每个输出的嵌合体的父母。


参数：verbose
Logical indicating whether to display progress.  
逻辑表明是否显示进度。


Details

详情----------Details----------

Forms a set of random chimeras from the input set of (typically good quality) sequences.  The chimeras are created by merging random sequences at random breakpoints.  These chimeras can be used for testing the accuracy of the FindChimeras or other chimera finding functions.
一组随机嵌合体的形式，从输入一组序列（通常质量好的）。创建由合并随机断点随机序列的嵌合体。这些嵌合体可用于测试FindChimeras或其他嵌合体发现功能的准确性。


值----------Value----------

A DNAStringSet object containing chimeras.  The names of the chimeras are specified as "parent #1 name [chimeric region] (distance from parent to chimera), ...".
一个DNAStringSet对象，其中包含嵌合体。 names嵌合体被指定为“父＃1名[嵌合区域]（从父到嵌合体的距离），......”。

If includeParents = TRUE then the parents of the the chimeras are included at the end of the result.  The parents are made to be the same length as the chimera if randomLengths = TRUE.  The names of the parents are specified as "parent #1 name [region] (distance to parent #2, ...)".
如果includeParents = TRUE然后结果的嵌合体的父母。父母是相同的长度为嵌合体，如果randomLengths = TRUE。 names父母被指定为“父＃1 [区域]（距离父＃2，...）”。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

FindChimeras, Seqs2DB
FindChimeras，Seqs2DB


举例----------Examples----------


db <- system.file("extdata", "Bacteria_175seqs.sqlite", package="DECIPHER")
dna <- SearchDB(db)
chims <- CreateChimeras(dna)
BrowseSequences(chims)

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