R语言 DECIPHER包 ConsensusSequence()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ConsensusSequence(DECIPHER)
ConsensusSequence()所属R语言包：DECIPHER

                                         Create A Consensus Sequence
                                         创建一个共识序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Forms a consensus sequence representing a set of sequences.
形成了一个共识序列，代表一组序列。


用法----------Usage----------


ConsensusSequence(myDNAStringSet,
                  threshold = 0.05,
                  ambiguity = TRUE,
                  noConsensusChar = "N",
                  minInformation = 0.75,
                  ignoreNonBases = FALSE,
                  includeTerminalGaps = FALSE,
                  verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：myDNAStringSet
A DNAStringSet object of aligned sequences.  
一个DNAStringSet对象的排列顺序。


参数：threshold
Maximum fraction of sequence information that may be lost in forming the consensus.  
最高分数的序列信息，可能会失去形成共识。


参数：ambiguity
Logical specifying whether to consider ambiguity as split between their respective nucleotides.  Degeneracy codes are specified in the IUPAC_CODE_MAP.  
逻辑指定是否要考虑他们各自的核苷酸之间的分裂歧义。退化代码指定在IUPAC_CODE_MAP。


参数：noConsensusChar
Single character from the DNA_ALPHABET giving the base to use when there is no consensus in a position.  
单字符的DNA_ALPHABET给碱基使用时，有没有共识，在一个位置。


参数：minInformation
Minimum fraction of information required to form consensus in each position.  
形成共识，在每一个位置的信息的最低分数。


参数：ignoreNonBases
Logical specifying whether to count gap ("-") or mask ("+") characters towards the consensus.  
逻辑指定是否算差距（“ - ”）或面罩（“+”）字符对共识。


参数：includeTerminalGaps
Logical specifying whether or not to include terminal gaps ("-" characters on each end of the sequence) into the formation of consensus.  
逻辑指定是否包括终端的差距（“ - ”每个序列结束字符），将形成共识。


参数：verbose
Logical indicating whether to print the elapsed time upon completion.  
逻辑表示是否打印完成后的运行时间。


Details

详情----------Details----------

Two key parameters control the degree of consensus.  The default threshold (0.05) indicates that at least 95% of sequence information will be represented by the consensus sequence.  The default minInformation (0.75) specifies that at least 75% of sequences must contain the information in the consensus, otherwise the noConsensusChar is used.
两个关键参数的控制程度的共识。默认threshold（0.05）表明，至少有95％的序列信息，将由代表的共识序列。默认minInformation（0.75）的规定，至少有75％的序列必须包含在协商一致的信息，否则noConsensusChar使用。

If ambiguity = TRUE (the default) then degeneracy codes are split between their respective bases according to the IUPAC_CODE_MAP.  For example, an "R" would count as half an "A" and half a "G".  If ambiguity = FALSE then degeneracy codes are not considered in forming the consensus.  If includeNonBases = TRUE (the default) then gap ("-") and mask ("+") characters are counted towards the consensus, otherwise they are omitted from development of the consensus.
如果ambiguity = TRUE（默认），然后简码分裂根据各自的碱基之间IUPAC_CODE_MAP。例如，一个“R”算作半的“A”和半年的“G”。如果ambiguity = FALSE然后简码没有形成共识。如果includeNonBases = TRUE（默认），那么差距（“ - ”）和掩码（“+”）字符对计算的共识，否则，他们被省略，从发展的共识。


值----------Value----------

A DNAStringSet with a single consensus sequence.
一个DNAStringSet与一个单一的共识序列。


作者（S）----------Author(s)----------



Erik Wright <a href="mailtoECIPHER@cae.wisc.edu">DECIPHER@cae.wisc.edu</a>




参见----------See Also----------

IdConsensus, Seqs2DB
IdConsensus，Seqs2DB


举例----------Examples----------


dna <- DNAStringSet(c("ANGCT-","-ACCT-"))
ConsensusSequence(dna)
# returns "ANSCT-"[回报“ANSCT”]

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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